共識主要內(nèi)容包括：

開展遺傳病NGS檢測的實(shí)驗(yàn)室應(yīng)根據(jù)其所采用的測序平臺、建庫技術(shù)流程以及是否有多項(xiàng)目檢測進(jìn)行適當(dāng)?shù)膶?shí)驗(yàn)室分區(qū)設(shè)計(jì)，如實(shí)驗(yàn)室同時進(jìn)行腫瘤體細(xì)胞突變NGS檢測，則“濕實(shí)驗(yàn)”的核酸提取及建庫過程相關(guān)區(qū)域不宜與之混用。應(yīng)配備“濕實(shí)驗(yàn)”和“干實(shí)驗(yàn)”流程研發(fā)、變異解讀和遺傳咨詢?nèi)藛T，生物信息學(xué)分析人員應(yīng)為一個具有醫(yī)學(xué)或遺傳學(xué)背景的團(tuán)隊(duì)，負(fù)責(zé)建立生物信息分析流程并對其進(jìn)行性能確認(rèn)，以及與IT人員一起合作建立相關(guān)疾病變異和表型實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部數(shù)據(jù)庫;變異解讀人員應(yīng)具有醫(yī)學(xué)、遺傳學(xué)和分子生物學(xué)專業(yè)知識，并能在臨床背景下對遺傳變異結(jié)果給予相應(yīng)解釋;遺傳咨詢?nèi)藛T應(yīng)具有醫(yī)學(xué)背景和遺傳學(xué)知識，熟悉相關(guān)領(lǐng)域遺傳咨詢的概念和方法。實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人應(yīng)清晰了解所開展的遺傳變異NGS檢測項(xiàng)目及其質(zhì)量保證關(guān)鍵環(huán)節(jié)。所有人員均應(yīng)隨相應(yīng)研究進(jìn)展及時更新知識。

遺傳病NGS檢測實(shí)驗(yàn)室所開展的檢測項(xiàng)目臨床預(yù)期用途通常應(yīng)為先證者確認(rèn)診斷、懷疑患有遺傳病的患者的輔助診斷、宮內(nèi)胎兒表型提示遺傳病但染色體核型分析未發(fā)現(xiàn)異常的產(chǎn)前診斷、或育齡夫婦的孕前遺傳病攜帶者篩查(一般限于早發(fā)的嚴(yán)重致殘致死的人群攜帶率較高的隱性遺傳病)等，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)根據(jù)預(yù)設(shè)的上述臨床預(yù)期用途選擇合適的NGS檢測方法，如靶向測序、WES和WGS等。

開展遺傳病NGS檢測的實(shí)驗(yàn)室應(yīng)根據(jù)預(yù)設(shè)的臨床預(yù)期用途決定將哪些基因納入擬檢測的靶基因，當(dāng)預(yù)期用途為諸如產(chǎn)前診斷和攜帶者篩查的預(yù)測性檢測時，則只能納入與疾病有明確相關(guān)性的基因。可采用ClinGen發(fā)布的基因臨床有效性管理標(biāo)準(zhǔn)操作程序，利用遺傳學(xué)和實(shí)驗(yàn)證據(jù)評估基因的臨床有效性，并定期對證據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)性回顧，以尋找是否出現(xiàn)新的證據(jù)支持。如直接采用WES檢測，則需要盡可能覆蓋已知疾病相關(guān)基因的所有外顯子。目前不同來源的WES捕獲試劑，其對外顯子區(qū)域的捕獲能力有所不同，實(shí)驗(yàn)室需清楚這些差異并在性能確認(rèn)中明確捕獲效率和覆蓋度。WGS在遺傳病的基因檢測中亦應(yīng)用越來越廣，但其仍存在檢測成本高、不能準(zhǔn)確測序所有區(qū)域及結(jié)果解釋與報告難等局限性。因此，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)預(yù)先建立基因的臨床有效性和已知基因突變譜臨床檢測應(yīng)用的一般原則，以便在WES或WGS檢測結(jié)果解讀與報告時使用。

基于NGS的遺傳病檢測方法，在臨床應(yīng)用之前，需要經(jīng)過完整的分析性能確認(rèn)和必要的臨床性能確認(rèn)，從而確立檢測的分析和臨床性能指標(biāo)，并最終建立整個流程的SOPs。遺傳病NGS檢測性能確認(rèn)是基于方法學(xué)的性能確認(rèn)。“干實(shí)驗(yàn)”性能確認(rèn)需使用已知變異的臨床樣本測序數(shù)據(jù)，并可使用參考標(biāo)準(zhǔn)品數(shù)據(jù)集和電子模擬數(shù)據(jù)集作為補(bǔ)充，通過性能確認(rèn)分析針對不同變異類型的檢測敏感性、特異性和重復(fù)性。分析性能指標(biāo)包括精密度、準(zhǔn)確度、可報告范圍和參考區(qū)間、分析敏感性和分析特異性等，嵌合體異常細(xì)胞比例或線粒體DNA異質(zhì)性比例檢測還需確定LOD。臨床有效性和臨床有用性性能指標(biāo)包括臨床敏感性、臨床特異性、特定人群的陽性和陰性預(yù)測值(適用時)等。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)根據(jù)預(yù)期用途建立不同樣本類型和不同變異類型的分析性能指標(biāo)。WES或者WGS檢測性能確認(rèn)中需納入不同遺傳模式樣本及家系樣本。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)在確認(rèn)過程中建立整個流程各步驟的質(zhì)量控制指標(biāo)及參數(shù)。還應(yīng)建立當(dāng)檢測和分析流程發(fā)生改變時進(jìn)行再次確認(rèn)的程序及再次確認(rèn)時應(yīng)滿足的性能。

開展遺傳病NGS檢測的實(shí)驗(yàn)室應(yīng)確定在NGS檢測到的陽性結(jié)果用于疾病臨床診斷和管理之前，是否需要使用其他方法如Sanger測序等對其進(jìn)行確認(rèn)，并且在何種情況下需對其他家庭成員進(jìn)行進(jìn)一步確認(rèn)。實(shí)驗(yàn)室也可建立不需要進(jìn)行驗(yàn)證的變異類型(如SNVs)需要滿足的性能參數(shù)和質(zhì)量參數(shù)閾值。但是對于具有檢測技術(shù)難度的變異類型(如indels等)是否需要進(jìn)一步確認(rèn)檢測仍需慎重考慮。此外，目前通過NGS檢測CNVs的準(zhǔn)確性仍存在一些問題，尤其是對于基因內(nèi)外顯子水平的缺失和重復(fù)，因此，對NGS檢出的CNVs應(yīng)進(jìn)行驗(yàn)證確認(rèn)。

開展遺傳病NGS檢測的實(shí)驗(yàn)室需基于ACMG指南對遺傳變異進(jìn)行五級分類解讀，并在正確理解指南各條款的情況下，結(jié)合本實(shí)驗(yàn)室具體情況建立解讀流程并制訂可操作性SOPs，保證本實(shí)驗(yàn)室變異解讀的重復(fù)性和再現(xiàn)性，變異命名應(yīng)遵循HGVS或ISCN規(guī)則，結(jié)果報告中應(yīng)包含必要的信息，清楚描述所使用的技術(shù)方法及其局限性，并且報告中需有針對檢測結(jié)果的遺傳咨詢建議，詳細(xì)描述支持變異解讀的相關(guān)證據(jù)，并說明檢測到的變異是否能夠充分或者部分解釋患者的臨床表型。對于致病性明確但與檢測目的無關(guān)的非預(yù)期變異，隱性疾病的攜帶狀態(tài)及尚無相關(guān)臨床表現(xiàn)的意外發(fā)現(xiàn)是否需要報告及如何報告，實(shí)驗(yàn)室應(yīng)有相應(yīng)的報告和確認(rèn)原則，如需報告，應(yīng)在患者和親屬簽署相關(guān)知情同意后進(jìn)行。實(shí)驗(yàn)室需預(yù)先確定trio檢測報告原則并充分做好知情同意。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)結(jié)合實(shí)際情況制訂是否因臨床需求對遺傳數(shù)據(jù)進(jìn)行再分析及如何進(jìn)行再分析和提供修正報告的相應(yīng)原則。現(xiàn)階段的檢測報告應(yīng)由具備相關(guān)資質(zhì)的醫(yī)生或授權(quán)簽字人審核后簽發(fā)。

開展遺傳病NGS檢測的實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立本實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量保證計(jì)劃，涵蓋分析前、分析中和分析后各環(huán)節(jié)，預(yù)先設(shè)定每個樣本或每批次檢測各步驟質(zhì)量控制關(guān)鍵核查點(diǎn)和相關(guān)質(zhì)量控制參數(shù)，并明確規(guī)定可接受和拒絕的標(biāo)準(zhǔn)，同時預(yù)先設(shè)定需要持續(xù)監(jiān)測的質(zhì)量指標(biāo)，根據(jù)其變化趨勢決定是否需要對流程進(jìn)行進(jìn)一步優(yōu)化。發(fā)現(xiàn)問題后采取糾正措施，必要時采取預(yù)防措施，并記錄其對檢測質(zhì)量持續(xù)改進(jìn)的影響。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)定期參加國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心組織的相關(guān)EQA/PT計(jì)劃，尚無EQA/PT計(jì)劃的檢測項(xiàng)目，可定期與外部實(shí)驗(yàn)室交換樣本進(jìn)行比對或盲樣檢測本實(shí)驗(yàn)室之前檢測過的樣本。對整個檢測流程的記錄是實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量保證的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。

基于NGS方法的遺傳檢測項(xiàng)目應(yīng)由具備相關(guān)專業(yè)背景和資質(zhì)的遺傳咨詢師或臨床醫(yī)生在檢測前和檢測后對患者及其家屬進(jìn)行遺傳咨詢，咨詢應(yīng)在以倫理和道德為中心、咨詢對象自愿、完全知情和保護(hù)隱私等基本原則下進(jìn)行。進(jìn)行遺傳咨詢時需包含一般的遺傳咨詢，同時考慮NGS檢測的特殊性。另外針對不同的檢測目的，如攜帶者篩查、遺傳病診斷和產(chǎn)前診斷，還要有側(cè)重性的遺傳咨詢。

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