2015年美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)和分子病理學(xué)協(xié)會(huì)（ACMG/AMP）共同制定了變異解讀指南，以增加臨床和實(shí)驗(yàn)室對(duì)變異解讀分類的一致性和嚴(yán)謹(jǐn)性，但嚴(yán)格的變異解讀指南可能導(dǎo)致一些遺傳異質(zhì)性疾病（如長(zhǎng)QT綜合征和Brugada綜合征）出現(xiàn)較高比例的臨床意義未明（VUS）位點(diǎn)，定量和針對(duì)特定疾病制定的ACMG/AMP指南可大大降低“假陰性率”。2020年9月，《Genetics in Medicine》雜志上刊登了一篇名為“Enhancing rare variant interpretation in inherited arrhythmias through quantitative analysis of consortium disease cohorts and population controls”的文章，通過(guò)大型的病例對(duì)照數(shù)據(jù)分析使ACMG/AMP指南的定量實(shí)施成為可能，提高了對(duì)遺傳性心律失?；驒z測(cè)的敏感性。
01
背景介紹
Brugada綜合征（BrS）和長(zhǎng)QT綜合征（LQTS）是一類導(dǎo)致年輕人發(fā)生嚴(yán)重心律失常和心臟性猝死的遺傳病。SCN5A、KCNH2、KCNQ1這3個(gè)基因上的致病變異解釋了絕大多數(shù)基因型陽(yáng)性病例。SCN5A基因上的罕見(jiàn)變異是通過(guò)功能缺失機(jī)制（loss-of-function mechanism）導(dǎo)致BrS，而LQTS則是由KCNQ1（LQT1）和KCNH2（LQT2）基因上的功能缺失性變異或SCN5A（LQT3）基因上的功能獲得性（gain-of-function）變異導(dǎo)致。目前，BrS和LQTS已建立完善的遺傳學(xué)檢測(cè)機(jī)制，以便為臨床管理提供信息，并促進(jìn)家族成員的級(jí)聯(lián)篩查以識(shí)別高危攜帶者。盡管如此，對(duì)于這3個(gè)基因中大多數(shù)非截短變異的致病性解釋仍具有挑戰(zhàn)。例如，最近一項(xiàng)使用ACMG/AMP指南對(duì)所有涉及BrS的SCN5A變異進(jìn)行了重新評(píng)估，只有17%的錯(cuò)義變異歸為（可能）致病。雖然這可能部分反映了早期報(bào)告中存在的一些問(wèn)題，但它突出了使用指南識(shí)別錯(cuò)義變異致病性的難度。為了解決“假陰性率”和提高對(duì)致病性非截短變異的檢測(cè)，研究組提出了可以應(yīng)用針對(duì)基因-疾病二元的第三種證據(jù)類別，即確定在疾病中高度富集的特定變異或變異類別的病例對(duì)照研究。
02
方法
研究組對(duì)國(guó)際LQTS/Brs遺傳學(xué)聯(lián)合會(huì)的1847例LQTS（KCNQ1/KCNH2/SCN5A）和3335例BrS（SCN5A）病例的罕見(jiàn)變異頻率與特定群體gnomAD數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，制定特定疾病ACMG/AMP證據(jù)類別標(biāo)準(zhǔn)（包括PM2/BS1、PS4以及PM1）。
03
結(jié)果
SCN5A罕見(jiàn)變異的患病率在歐洲（20.8%）和日本（8.9%）BrS患者之間，以及診斷為自發(fā)性（28.7%）和誘發(fā)性（15.8%）1型Brugada心電圖的患者之間存在差異。離子通道跨膜區(qū)域和特異性N端（KCNH2）和C端（KCNQ1/KCNH2）結(jié)構(gòu)域具有高度富集的病例變異和大于95%的致病性可能。應(yīng)用此規(guī)則，17.4%的歐洲BrS和74.8%的歐洲LQTS病例攜帶（可能）致病變異，而估計(jì)診斷率為19.2%/82.1%，將VUS患病率降低到接近本底罕見(jiàn)變異頻率。
04
心律失常相關(guān)基因罕見(jiàn)變異的ACMG/AMP分類
根據(jù)ACMG/AMP指南，對(duì)LQTS或BrS患者中檢測(cè)到的KCNQ1, KCNH2和SCN5A罕見(jiàn)變異，使用改版的Cardio Classifier 工具進(jìn)行致病性評(píng)估。隨后根據(jù)不同的證據(jù)組合，將變異分為致病、可能致病、臨床意義未明、可能良性或良性。采用以下ACMG/AMP規(guī)則：
表1. 變異分類證據(jù)及使用建議
此外，基于家族譜系中的疾病與變異共分離規(guī)則（PP1/BS4）、有/無(wú)父母驗(yàn)證的新發(fā)變異規(guī)則（PS2/PM6）、等位基因數(shù)據(jù)（PM3/BP2）、文獻(xiàn)及數(shù)據(jù)庫(kù)記錄（PP5/BP6）和其他數(shù)據(jù)（PP4/BP5）的規(guī)則不適用。
06
總結(jié)
通過(guò)對(duì)大型測(cè)序病例和對(duì)照組的分析，研究組針對(duì)主要心律失常相關(guān)致病基因制定了ACMG/AMP變異解讀指南的定量和基因/疾病特定應(yīng)用，改善了臨床基因檢測(cè)的靈敏度和準(zhǔn)確性之間的平衡，并降低了與這些遺傳異質(zhì)性疾病相關(guān)的假陰性率。研究結(jié)果還強(qiáng)調(diào)群體和表型背景對(duì)于有效解釋罕見(jiàn)變異的臨床效應(yīng)至關(guān)重要。這項(xiàng)研究對(duì)于改善目前基因檢測(cè)結(jié)果不確定的BrS/LQTS患者的診斷、治療和家族成員篩查具有重要的臨床意義。
往期回顧：
參考文獻(xiàn)：Walsh R, Lahrouchi N, Tadros R, et al. Enhancing rare variant interpretation in inherited arrhythmias through quantitative analysis of consortium disease cohorts and population controls. Genet Med. 2020 Sep 7.
