近年來，多基因風(fēng)險評分（PRSs）越來越多地被用來獲取許多人類特征和疾病所隱含的全基因組信息，希望能更好地告知某個人患特定疾病的遺傳風(fēng)險。近期，多名研究人員在《Nature》雜志上發(fā)表了一篇題為“Improving reporting standards for polygenic scores in risk prediction studies”的綜述，該綜述提出一個含有22項的框架，該框架確定了科學(xué)家在其研究中應(yīng)該包含的與多基因風(fēng)險評分相關(guān)的最低限度信息。該框架由國家人類基因組研究所（NHGRI）的臨床基因組資源（ClinGen）復(fù)雜疾病工作組和多基因評分（PGS）目錄數(shù)據(jù)庫成員創(chuàng)建，將有助于提高多基因風(fēng)險評分的有效性、透明度和可重復(fù)性。
多基因風(fēng)險評分（PRSs）通常會匯總?cè)蚪M關(guān)聯(lián)研究的結(jié)果，可以彌補(bǔ)最初工作發(fā)現(xiàn)與臨床應(yīng)用之間的差距，從而利用遺傳學(xué)估算疾病風(fēng)險。然而，這些風(fēng)險評分的應(yīng)用和報告存在顯著的異質(zhì)性，這阻礙了PRSs轉(zhuǎn)化為臨床護(hù)理。在此，通過臨床基因組資源（ClinGen）復(fù)雜疾病工作組和多基因評分（PGS）目錄之間的協(xié)作，研究人員提出了多基因風(fēng)險評分報告標(biāo)準(zhǔn)（PRS-RS），并更新了遺傳風(fēng)險預(yù)測研究（GRIPS）聲明，以反映該領(lǐng)域的現(xiàn)狀。
PRS-RS是一套標(biāo)準(zhǔn)項目，規(guī)定了需要描述的最低標(biāo)準(zhǔn)，以便準(zhǔn)確解釋PRS，并在整個PRS開發(fā)過程中再現(xiàn)結(jié)果，圖1可簡要說明。它適用于PRS開發(fā)和驗證研究，旨在預(yù)測疾病發(fā)生和預(yù)后，以及對治療的反應(yīng)。大多數(shù)PRS研究遵循PRS開發(fā)評估的原型流程（圖1），該流程可作為標(biāo)準(zhǔn)化報告和實際應(yīng)用的模板。
圖1. PRSs開發(fā)和驗證過程的原型
注：圖中顯示了PRSs構(gòu)建、風(fēng)險模型開發(fā)和性能驗證的典型步驟，并在整個過程中以粗體文字標(biāo)記PRS-RS指南的某些方面。在PRSs開發(fā)中，與興趣結(jié)果相關(guān)的變異（通常從GWAS中識別）被合并為跨變異等位基因計數(shù)的加權(quán)總和。未顯示用于優(yōu)化PRSs（PRSs構(gòu)造和估計）的變量選擇方法。PRSs在預(yù)測興趣結(jié)果的風(fēng)險模型中進(jìn)行測試，并可與其他非遺傳變量（例如年齡、性別、祖先、臨床變量）結(jié)合；這些統(tǒng)稱為風(fēng)險模型變量。通過擬合程序選擇最佳風(fēng)險模型，在獨立樣本中驗證了該模型的有效性。應(yīng)描述PRSs分布，并從識別、預(yù)測能力和校準(zhǔn)方面證明風(fēng)險模型的性能。
借鑒流行病學(xué)、統(tǒng)計學(xué)、特定疾病的應(yīng)用、實施和政策方面的專家意見，該綜合報告框架定義了解釋和評估PRSs所需的最少信息，尤其是有關(guān)下游臨床應(yīng)用的信息。這些項目涵蓋了研究人群的詳細(xì)說明，開發(fā)和驗證PRSs的統(tǒng)計方法以及對這些評分的潛在局限性的考慮。
此外，研究人員強(qiáng)調(diào)數(shù)據(jù)可用性和透明性的必要性，并鼓勵研究人員通過PGS目錄存儲和共享PRSs，以促進(jìn)可重復(fù)性和比較基準(zhǔn)。通過以現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn)和本體為基礎(chǔ)的結(jié)構(gòu)化格式提供這些標(biāo)準(zhǔn)，在發(fā)布PRSs時使用此框架將有助于轉(zhuǎn)化為臨床護(hù)理，并向著定義最佳實踐的方向發(fā)展。
參考文獻(xiàn)
Wand H, Lambert SA, Tamburro C, et al. Improving reporting standards for polygenic scores in risk prediction studies. Nature. 2021 Mar; 591(7849): 211-219.
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